Para que me serializara correctamente el método JsonConvert.DeserializeObject los vales que corresponden a fechas tuve que hacer la siguiente corrección:

Date.parseFunctions["M$"] = function (input, strict) {
var re = new RegExp('\/Date\(([-+])?(\d+)(?:[+-]\d{4})?\)\/');
var r = (input || '').match(re);
return r ? new Date(((r[1] || '') + r[2]) * 1) : null;
};
Date.formatFunctions["M$"] = function () {
return'/Date(' + this.getTime() + ')/';
};

La versión Extjs 3.2.2 usa la siguiente expresión new RegExp('\\/Date\\(([-+])?(\\d+)(?:[+-]\\d{4})?\\)\\/') por lo que agregaba unos "\" que no reconocía la librería NewtonSoft.Json, lo mismo pasaba con la otra expresión de formato '\\/Date(' + this.getTime() + ')\\/'
Atentamente,
Vladimir Macias A.